Após a extinção da Ordem do Templo decretada em 1312 pelo Papa Clemente V, todos os bens dos templários seriam transferidos para os Hospitalários, exceto os de Portugal, de Castela, de Aragão e de Maiorca, que permaneceriam na posse das respetiva Coroas até ser deliberado o seu destino.
Evitando a sua extinção e confisco dos seus bens, o Rei D. Dinis instituiu, em 1319, a Ordem da Milícia de Nosso Senhor Jesus Cristo, para a qual transferiu os direitos pertencentes aos antigos templários portugueses, nomeadamente Castelo Branco, Longroiva, Tomar, Almourol, e de todos os castelos, bens móveis e de raiz, direitos, jurisdições, honras, homens e vassalos que tinham pertencido à ordem suprimida.
Tendo como pressuposto a necessidade de defender Portugal do domínio muçulmano, que se encontrava geograficamente próximo dos limites do território português, após alguns anos de diálogo com a Santa Sé, o rei D. Dinis, por bula do Papa João XXII, datada de 19 de março de 1319, instituiu a Ordo Militae Jesu Christi, ou Ordem Militar de Nosso Senhor Jesus Cristo, na qual incorporaria os membros, os bens e os privilégios da extinta Ordem do Templo.
A Ordem de Cristo seguiria, tal como a Ordem do Templo em Portugal, a regra de Cister e o abade de Alcobaça continuaria a ser o seu assistente espiritual. O hábito dos cavaleiros da Ordem de Cristo também se assemelharia ao dos templários, sendo branco com uma cruz vermelha, embora seja distinta: enquanto a cruz templária apresentava os braços curvos, a cruz da Ordem de Cristo ostenta braços direitos com serifas nas pontas e vazada a branco no meio.
Inicialmente sediada em Castro Marim, junto da foz do rio Guadiana, a sede da Ordem de Cristo apenas retornaria à cidade de Tomar em 1357, onde se manteria definitivamente.
Reformada profundamente pelo Infante D. Henrique, que se tornaria seu administrador a partir de 1417, a Ordem de Cristo passará a ter como sua missão primordial a descoberta de novas terras e novos mares.